ساختار هزینه ای شرکت های هواپیمایی می تواند به شکل های مختلف، با هدف کاهش موثر هزینه ها، طراحی شود.
ساختار کلاسیک مبتنی بر وظیفه و ساختار سازمانی ، فعالیت محور Activity-Based ، محرک محور Driver-Based ، عملیاتی محور Operation-Based (مستقیم و غیر مستقیم) ، فرآیندی ، ست ناوگان با کرو و … از جمله ساختارهای هزینه ای به کار گرفته شده در شرکت های هواپیمایی می تواند باشد.
آنچه که مسلم است، شرکت های هواپیمایی ایران به دلیل نبود انگیزه های لازم گران اداره می شوند، ضمن آنکه عقلانیت بازرگانی شرکت های هواپیمایی ایران در اختیار بازار توزیع آنلاین فروش (OTA) قرار گرفته است.